Parallèlement aux analyses de l'ADN mitochondrial ou ADNm, des scientifiques - entre autres, Peter Underhill, Université de Standford, USA - étudièrent les évolutions du chromosome "Y" sur un "plan mondial" : 1062 hommes, 22 régions du monde, 14 laboratoires, 8 pays.

Ce chromosome ne se transmet que de père en fils par "opposition" à l'ADNm qui n'est transmis que par la mère. En étudiant la partie de ce chromosome qui ne se recombine pas avec le chromosome "X", il est possible ainsi de remonter une lignée génétique paternelle.

L'analyse de ces 1062 chromosomes aurait permis d'après eux de déterminer l'époque et le lieu de vie de ce "premier père",  - 60 000 ans et l'Afrique, ainsi que les hommes actuels les plus proches de ce dernier, des éthiopiens plus connus sous le nom de Bushmen. Curieusement, un sujet sarde présente les mêmes caractéristiques.

Les défenseurs de cette approche considèrent que les homo sapiens archaïques présents en Eurasie n'auraient laissé aucune trace génétique et auraient donc été totalement supplantés par ce nouveau venu d'Afrique. 

Yves Coppens reste sceptique fasse à cette hypothèse. 

André Langaney, un autre chercheur français, la conteste. Pour ce scientifique, il est aberrant de parler de "père" et de "mère" de la lignée humaine, notre patrimoine s'étant construit par touches successives. Chaque époque de l'histoire de la vie a apporté son lot de gènes. Nous en partageons avec certains... invertébrés ! D'autres nous sont propres et ne sont pas présents chez les Grands Singes.

Un autre problème se pose  : la forte différence d'âge entre ce père daté de 60 000 ans et l'Eve africaine, appréhendée à partir des analyses d'ADNm (1987), âgée, elle, d'environ 150 000 ans...

Et une question en découle : pourquoi le bagage génétique maternel se serait-il mis en place beaucoup plus tôt que le paternel ?

Voici quelques réponses apportées par les scientifiques :

• les femmes auraient été moins victimes de la chasse et la guerre,

• ces dernières auraient pu être enlevées lors de guerres tribales et auraient ainsi essaimé leur ADNm au delà des frontières de leurs clans,

• une femme aurait été porteuse d'une mutation qui eut un grand avenir par la disparition (due à la sélection naturelle ou au hasard) des autres femmes ne la véhiculant pas...